Amino Acids Venn Diagram

“AMINO ACIDS VENN DIAGRAM”

 

Keterangan gambar diatas :

No	Nama Asam Amino	Singkatan 3 huruf	Singkatan 1 huruf
1	Alanin	Ala	A
2	Valin	Val	V
3	Leusin	Leu	L
4	Isoleusin	Ile	I
5	Prolin	Pro	P
6	Fenilalain	Fen	F
7	Triptofan	Trip	W
8	Metionin	Met	M
9	Glisin	Gli	G
10	Serin	Ser	S
11	Treonin	Tre	T
12	Sistein	Sis	C
13	Tirosin	Tiv	Y
14	Asparigin	Asn	N
15	Glutamine	Gln	Q
16	Asam Aspartat	Asp	D
17	Asam Glutamat	Glu	E
18	Lisin	Lis	K
19	Argenin	Arg	R
20	Histidin	His	H

 Matematika bukan cabang ilmu pengetahuan melainkan induk dari berbagai macam pengetahuan. Seperti yang akan saya paparkan yaitu “Amino Acid Venn Diagram” yaitu suatu gambar dari Diagram Venn yang menggambarkan 20 jenis asam amino yang bekerja dalam tubuh manusia. Amino Acids Venn Diagram mempunyai 8 himpunan bagian ataupun subhimpunan bagian. Yaitu Small, Tiny, Polar, Charged, Positive, Aromatic, Hydrophobic dan Alifatic. Sebenarnya himpunan dasarnya hanya terdiri dari Small, Hydrophobic, dan Polar. Kmudian ketiganya saling beririsan membentuk Tiny. Irisan antara small dan Hydrophobic menghasilkan Alifatic yang juga merupakan himpunan bagian dari Hydrophobi, irisan antara Hydrophobic dengan Polar menghasilkan Aromatic.  Kemudian Polar sendiri mempunyai himpunan bagian yaitu Charged, sedangkan Charged mempunyai himpunan bagian yang dinamakan Positive, jadi himpunan bagian dari Polar yaitu posive dan Charge.

1.       1. Hydrophobic

Yang termasuk kedalah himpunan “Hidrophobic” adalah Alanin (A), Sistein (C), Treonin (T), Valin (V), Isoleusin (I), Leusin (L), Metionin (M), Tirosin (Y), Fenilalanin (F), Triptofan (W), Prolin (P), Sistein Sulfida (C s-s). Didalam Hydrophobic juga terdapat himpunan dari Alifatik, dan Beririsan dengan Aromatic irisanya yaitu Tirosin (Y) Fenilalanin (F) dan Triptofan (W). Beririsan dengan Tiny irisanya yaitu Alanin dan Sistein. Beririsan dengan Small dengan irisanya yaitu Alanin (A) Sistein (C) Treonin (T) Valin (V) Tirosin (Y) Fenilalanin (F) Triptofan (W) Sistein Sulfida (Cs-s) Prolin (P)  dan juga beririsan dengan Polar yang irisanya yaitu Sistein (C) Treonin (T) Tirosin (Y) Triptofan (W).  Mereka dimasukan kedalam himpunan “Hydrophobic” karena keduabelas asam amino tersebut mampu menahan air yang sangat tinggi. Maksudnya adalah asam amino tersebut mempunyai daya tahan terhadap air yang sangat tinggi. Alifatik termasuk Hyphopobic karena termasuk golongan non polar karena asam-asam amino ini membentuk suatu kelompok di dalam air untuk menghindari terjadinya kontak dengan air (hidrofobik). Dan dalam himpunan Asam Amino Aromatik hanya Histidin (H) yang tidak masuk kedalam anggota himpunan dari Hydrophopic dikarenakan Histidin tidak dapat membentuk kelompok-kelompok untuk menghindari kontak dengan air. Hidrofobik meningkat dengan meningkatnya panjang rantai samping.

2. Polar

Anggota himpunan dari “Polar” adalah Sistein (C),  Treonin (T), Tirosin (Y), Triptofan (W), Histidin (H), Serin (S), Asam Aspartat (D), Asam Glutamat (E), Glutamin (Q), Argenin (R), Lisin (K), Asparigin (N). Asam Amino tersebut dikelompokan kedalam himpunan Polar karena Asam amino jenis ini memiliki ciri-ciri: gugus R tidak bermuatan, bersifat hidrofilik, cenderung terdapat dibagian luar protein. Sedangkan himpunan bagian dari Polar adalah Charged( Asam Aspartat, Histidin, Argenin, Lisin, dan Asam Glutamat) dan Positive( Histidin, Argenin, dan Lisin). Himpunan Polar beririsan dengan Hydrophobic(Sistein, Treonin, Tirosin, dan Triptofan),  Aromatic(Tirosin,Triptofan, Histidin) Tiny(Sistein dan Serin), Small(Sistein, Serin, Treonin,Asparigin).

3.       3. Small

 

Anggota himpunan Small adalah Sistein Sulfida (Cs-s), Alanin (A), Sistein (C), Prolin (P), Treonin (T), Valin (V), Serin (S), Asparigin (N), dan Glisin (G). Asam Amino tersebut dikelompokan kedalam himpunan Small dikarenakan ikatanya yang kecil sesuai dengan himpunanya yaitu Small atau dalam bahasa Indonesia adalah kecil. Dan dalam himpunan Small terdapat subhimpunan atau himpunan bagian yaitu Tiny yang teridiri dari Alanin (A), Glisin (G), Sistein (C), dan Serin (S). Dan juga beririsan dengan Himpunan Hydrophobic (Sistein (Cs-s), Alanin  (A), Prolin (P), Treonin (T), dan Valin (V)).  Dan beririsan dengan Himpunan Polar( Sistein (C), Serin (S), Treonin (T), dan Asparigin (N)).

4.       4. Tiny 

 

Asam amino yang tergolong masuk ke anggota himpunan Tiny adalah Alanin (A), Glisin (G), Serin (S) dan sistein (C) . Pengelompokan ini berdasarkan ikatan Asam Amino yang sangat begitu kecil. Oleh karena itu himpunan Tiny termasuk himpunan dari Small atau bisa dikatakan Tiny adalah subhimpunan dari Himpunan Small. Tiny juga beririsan dengan himpunan Hydrophobic( Alanin (A), Sistein (C) dan Himpunan Polar(Sistein (C), Serin (S).

5. Aliphatic

Asam amino memiliki rantai samping alifatik di posisi R. Sebuah kelompok alifatik adalah salah satu yang non-polar dan hidrofobik dan tidak termasuk struktur cincin.  Yang termasuk himpunan dari Alifatik adalah Isoleusin (I), Valin (V), dan Leusin (L). Alifatik merupakan himpunan bagian atau subhimpunan dari himpunan Hydrophobic. Dan Alifatik juga beririsan dengan himpunan Small yaitu Valin (V) karena asam amino tersebut ikatan rantainya kecil. Sehingga termasuk anggota himpunan dari Small.

t    6. Aromatik

 

Asam Amino jenis ini terdiri dari Fenilalanin (F), Histidin (H), Triptofan (W), Tirosin (Y). Asam amino termasuk struktur cincin aromatik enam karbon. Mereka relatif non-polar dan ditandai dengan absorbansi mereka terhadap sinar UV. Himpunan aromatic merupakan himpunan diantara himpunan Polar dan Himpunan Hydrophobic, dimana irisan keduanya adalahan sebagian anggota himpunan dari aromatic. Dimana Fenilalanin, Triptofan dan Tirosin termasuk anggota himpunan dari himpunan hydrophobic, dan Histidin termasuk anggota dari Himpunan Polar, yang dimana Histidin juga anggota dari himpunan Positive, dan Positive merupakan subhimpunan dari Charged. Dimana himpunan Charged juga termasuk kedalam Himpunan Polar atau Charged merupakan Subhimpunan dari Himpunan Polar

7.       7. Positive

 

Asam amino yang bermuatan positif pada gugus R, yang beranggotakan Histidin (H), Lisin (K), Argenin (R).  Yang memiliki ciri-ciri rantai R bersifat basa dan bersifat polar. Pada asam amino Histidin mempunyai muatan mendekati netral. Himpunan Positive termasuk subhimpunan dari Charged, dan Charged termasuk subhimpunan dari polar. Jadi sifat anggota himpunan positive sifatnya sama juga dengan himpunan Charged dan Juga Polar.

8.       8. Charged 

Himpunan Charged adalah asam amino yang termasuk kedalam himpunan Polar. Yang anggotanya adalahAsam Aspartat (D), Asam glutamate (E), Histidin (H), Argenin (R), dan Lisin (K).  Hanya saja sifatnya lebih spesifik yaitu digolongkan kedalam Himpunan Charged karena charged terdiri dari Asam Amino Positive atau bisa disebut juga Asam Amino Basa. Atau bisa didefinisikan Himpunan Charged berisi Asam Amino Asam yang terdiri dari Asam Glutamat dan Asam Aspartat, sedangkan Asam Amino Basa yang terdiri dari Histidin, Lisin, Argenin.

Daftar Pustaka
http://www.symmation.com/portfolio/media/Venn-Diagram-of-the-20-Natural-Amino-Acids/38
http://people.cs.vt.edu/naren/papers/biokdd2011.pdf